graphviz and Synthetic Biology Open Language (SBOL)

graphviz + SBOL(Synthetic Biology Open Language)

python 2.7
graphviz
Windows 8.1 64bit

from graphviz import Digraph def apply_styles(graph, styles): graph.graph_attr.update( ('graph' in styles and styles['graph']) or {} ) graph.node_attr.update( ('nodes' in styles and styles['nodes']) or {} ) graph.edge_attr.update( ('edges' in styles and styles['edges']) or {} ) return graph styles = { 'graph': { 'label': 'Gene Expression', 'fontsize': '10', 'fontcolor': 'white', 'bgcolor': 'black', 'rankdir': 'LR', 'fontname': 'Consolas', }, 'nodes': { 'fontname': 'Consolas', 'fontcolor': 'white', 'color': 'white', }, 'edges': { 'color': 'white', 'arrowhead': 'none', } } code = ['promoter','operator','cds','utr','terminator'] dot = Digraph(comment='gene', format='png') # default styles dot = apply_styles(dot, styles) dot.node(code[0],shape='promoter',labelloc='b') dot.node(code[1],shape='square',width='0.2', label='') dot.node(code[2],shape='cds') dot.node(code[3],shape='utr',labelloc='b') dot.node(code[4],shape='terminator', labelloc='b') for (i,x) in enumerate(code[1:]): dot.edge(code[i],x) print(dot.source) dot.render('geneExpression')

Link

-Caret Dash Caret
　　Graphviz + SBOLv1.0
SBOL
python graphviz

matplotlibのインストール

他サイトでもたくさん取り上げられていますが、ご多分に漏れず自分も苦労したのでメモ。

環境 windows 7
Python 2.7

1. get-pip.pyをダウンロード
環境変数の設定を忘れずに。
2. 下記コード実行(プロキシ経由)
プロキシ使ってない場合は、最初のsetを省く。 >set http_proxy=http://xxxxx >set https_proxy=http://xxxxx >python get-pip.py >pip install six >pip install pytz >pip install python-dateutil >pip install matplotlib

例)うまくpipでインストールできると下みたいなる。
pip install pytz
Collecting pytz
Downloading pytz-2014.10-py2.py3-none-any.whl(477kB)
100%|#########################| 479kB 3.2MB/s ta 0:00:011
Installing collected packages: pytz
Successfully installed pytz-2014.10


端末上でpip freezeとすれば入っているライブラリやバージョンがわかる


テストコード
import numpy as np import scipy as sp import matplotlib.pyplot as plt x = np.arange(-3, 3, .1) y = np.sin(x) plt.plot(x, y) plt.show() raw_input() LINK

Python, SciPy, matplotlibのインストール(Windows)

そこはかとなく書くよん。
-pipの使い方（2014/1バージョン）


プロキシ経由の場合
-How to set an HTTP proxy in Python 2.7?

normalizeとカラーヒストグラム

cv2.normalize()の使い方
RGBのカラーヒストグラムを例にnormalize()を使ってみる。

python 2.7
numpy 1.8.1
openCV 2.4.9
Windows 7 64bit

import cv2 import numpy as np img = cv2.imread('lena.jpg') channel = 3 calcRange = [0,256] lower = 0 upper = 100 hist = np.zeros([channel*upper,256],dtype=np.uint8) rows, cols= hist.shape hist = cv2.cvtColor(hist,cv2.COLOR_GRAY2BGR) for j in range(channel): chist = cv2.calcHist([img],[j], None, [256], calcRange) cv2.normalize(chist,chist,lower,upper,cv2.NORM_MINMAX) color = [0,0,0] color[j] = 255 y = rows - j*upper for i in range(0,256): v = chist[i] cv2.line(hist,(i,y),(i, y - v),color) cv2.imshow('result',hist) cv2.imshow('lena',img) cv2.waitKey() cv2.destroyAllWindows()

変数lower,upperが正規化するときの下限と上限。

2016/9/24 code修正 rangeに誤り

'int' object is not callable

'int' object is not callable
というエラー

関数の仮引数にrangeを入れ、その中でrange関数を使ってしまったためにエラーになってしまった。
とにかく関数名を変数名として使わないように気をつける。
原因を見つけるのに時間がかかった。
気をつけねば。


LINK

ひきメモ
[python]変数名と関数名は同じにしてはいけない

動的輪郭モデル（SnakeImage）を使ってみる。

CvPointがないため、座標はタプルで行うということは、わかっていたのだけど。リストで座標集めてタプルにして渡すというところまでは、なかなか思いつかず手間取った。
youtubeにSnakeImageの例があったのだけれど、リンク切れしててわからず。実際はどんなふうにしてるんでしょうね...

python 2.7
numpy 1.8.1
openCV 2.4.9
Windows 7 64bit

import cv2.cv as cv import cv2 import numpy as np img = cv2.imread('en.bmp') h,w = img.shape[:2] length = 60; center_x = w/2 center_y = h/2 channel = 3 src = cv2.imread('en.bmp') iplimg = cv.CreateImageHeader((src.shape[1], src.shape[0]), cv.IPL_DEPTH_8U, channel) cv.SetData(iplimg, src.tostring(), src.dtype.itemsize * channel * src.shape[1]) iplimgGray = cv.CreateImage((w,h),cv.IPL_DEPTH_8U,1) cv.CvtColor(iplimg,iplimgGray,cv.CV_BGR2GRAY) cv2.imshow('original',src) pts = [] for i in range(length): pts.append((int(center_x * math.cos(2*math.pi*i/length)+center_x),int(center_y*math.sin(2*math.pi*i/length)+center_y))) cp = cv.SnakeImage(iplimgGray,tuple(pts),0.45,0.35,0.2,(15,15),(cv.CV_TERMCRIT_ITER,10,0)) for j in range(15): cp = cv.SnakeImage(iplimgGray,cp,0.45,0.35,0.2,(15,15),(cv.CV_TERMCRIT_ITER,10,0)) ncp = np.asarray(cp) gray = np.zeros((w, h, 3), dtype='uint8') cv2.polylines(gray,[ncp],1,(255,255,255)) cv2.imshow('SnakeImage',gray) cv2.waitKey() cv2.waitKey() cv2.destroyAllWindows()

LINK

OpenCV 2.2 (r4295) Python リファレンス
snakeimage

Youtube
cv.SnakeImage Active Contour OpenCV Python

opencv2で開いてPILで輝度変更

python 2.7
numpy 1.8.1
openCV 2.4.9
PIL(python image library)
Windows 7 64bit

PIL - opencv2

import cv2 import numpy as np from PIL import Image, ImageEnhance src = cv2.imread('lena.jpg') pimg = Image.fromarray(src) img = ImageEnhance.Brightness(pimg).enhance(1.5) dst = np.asarray(img) cv2.imshow('Lena',dst) cv2.waitKey() cv2.destroyAllWindows()

2016/9/24今はもうPillowを使うんだって。

LINK

画像処理でのPythonの利用 - SlideShare

閾値処理(threshold)

python 2.7
numpy 1.8.1
openCV 2.4.9
Windows 7 64bit

fig.1 gray

fig.2 cv2.THRESH_BINARY

fig.3 cv2.THRESH_BINARY_INV

fig.4 cv2.THRESH_OTSU

fig.5 cv2.THRESH_BINARY_INV+cv2.THRESH_OTSU

fig.6 cv2.THRESH_TOZERO_INV

fig.7 cv2.THRESH_TOZERO_INV, mask=cv2.THRESH_BINARY

threshold

import cv2.cv as cv import cv2 import numpy as np src = cv2.imread('lena.jpg') #fig.1 gray = cv2.cvtColor(src,cv2.COLOR_BGR2GRAY) cv2.imshow('gray',gray) cv2.imwrite('gray.png',gray) #fig.2 ret, thresh = cv2.threshold(gray, 100, 255, cv2.THRESH_BINARY) print ret cv2.imshow('binary',thresh) cv2.imwrite('thresh.png',thresh) #fig.3 ret_inv, thresh_inv = cv2.threshold(gray, 100, 255, cv2.THRESH_BINARY_INV) print ret_inv cv2.imshow('binary_inv',thresh_inv) cv2.imwrite('thresh_inv.png',thresh_inv) #fig.4 ret_otsu, thresh_otsu = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_OTSU) print ret_otsu cv2.imshow('binary_otsu',thresh_otsu) cv2.imwrite('thresh_otsu.png',thresh_otsu) #fig.5 ret_inv_otsu, thresh_inv_otsu = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY_INV+cv2.THRESH_OTSU) print ret_inv_otsu cv2.imshow('binary_inv_otsu',thresh_inv_otsu) cv2.imwrite('thresh_inv_otsu.png',thresh_inv_otsu) #fig.6 ret_tozero_inv, thresh_tozero_inv = cv2.threshold(gray, 100, 255, cv2.THRESH_TOZERO_INV) print ret_tozero_inv cv2.imshow('binary_tozero_inv',thresh_tozero_inv) cv2.imwrite('thresh_tozero_inv.png',thresh_tozero_inv) #fig.7 mask = thresh > 200 thresh_tozero_inv[mask] = 255 cv2.imshow('binary_tozero_inv_255',thresh_tozero_inv) cv2.imwrite('thresh_tozero_inv_255.png',thresh_tozero_inv) cv2.waitKey(0) cv2.destroyAllWindows()

LINK

How to define the markers for Watershed in OpenCV?
threshold